El Comité esta constituido por 44 integrantes pudiendo este número variar, asegurando de esta manera una conformación multidisciplinaria, multisectorial y con especialización en las diferentes áreas de investigación que revisa dicho órgano colegiado.

Para casos de mayor complejidad el Comité podrá recurrir a la opinión de asesores expertos ad-hoc.

El Comité es presidido por el Vicerrector de Investigación, Desarrollo e Innovación de la Universidad de Santiago de Chile, quien cuenta con la atribución de nombrar a los integrantes de este cuerpo colegiado, así como de designar las siguientes funciones:

- Vicepresidente CEI
- Coordinador General CEI
- Secretario General CEI
- Asesor Legal CEI
- Coordinadores de Área CEI

El Comité para efectos de trabajo, se divide en las siguientes áreas:

- Bioseguridad
- Ciencias Biológicas de Animales de Experimentación
- Ciencias de Humanidades y Económicas
- Ciencias de la Salud, Biomédicas y Biológicas
- Ciencias Químicas y de Medio Ambiente
- Ingeniería
- Seguimientos